第一个低成本、高性能的猪SNP液相芯片开发成功

开发低成本、高性能的猪SNP芯片，对我国猪的分子育种和遗传分析具有重要意义。

近日，中国农业大学动物科学技术学院教授丁向东团队开发了包括52000个SNP位点在内的首款猪50K液相芯片-GBTS50K，其SNP诊断率和个人检出率为0.997~0.998。有关研究论文在《农业科学报》(英文) (Journal of Integrative Agriculture，JIA) 正式发布了2025年5期。

靶向捕捉测序(GBTS)同时具有固相芯片技术(高稳定性和可靠性)和测序技术(高灵活性和低成本)的优点。但是，在猪SNP芯片中，GBTS技术还没有得到应用。这项研究基于GBTS技术，开发了包括52000个SNP位点在内的首款猪50K液相芯片-GBTS50K。

研究小组选择了来自10个养猪场的6032头大白、长白和杜洛克猪，对GBTS50K的性能进行了评估。结果表明，GBTS50K具有良好的基因分类性能，其SNP诊断率和个体检出率为0.997~0.998，重复样本的基因分类一致性和相关系数分别为0.997和0.993。

GBTS50K在遗传分析和分子育种方面表现出色。例如，GBTS50K的基因组选择比目前广泛使用的GGP-Porcine固相芯片更准确，因为GBTS技术可以检测到多聚SNP位点，GBTS50K可以获得更高质量的SNP位点(~100K)，而不会增加基因分型成本。利用这些SNP位点选择单倍基因组，提升和繁殖特性高的准确基因组选择。

研究发现，GBTS50K可以成为猪遗传分析和分子育种的有力工具，同时也可以为其他畜禽液相芯片的开发提供参考。

丁向东是本文的通信作者，中国农业大学研究生张梓鹏是第一作者。该研究得到了山东省重点研发、中国现代农业产业技术体系和国家重点研发计划的支持。